methylGSA

DOI:10.18129 / B9.bioc.methylGSA

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅methylGSA。

基因集合分析使用微分甲基化的结果

Bioconductor版本:3.9

主要功能为methylGSA methylglm methylRRA。methylGSA实现逻辑回归调整探针作为协变量的数量。methylRRA调整多个假定值的每个基因强大等级聚合。为更详细的帮助信息,请参阅装饰图案。

作者:徐任(aut (cre),裴分矿(aut)

维护人员:徐任< xuren2120 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“methylGSA”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“methylGSA”)

HTML	R脚本	methylGSA:基因为DNA甲基化分析数据集
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,DifferentialMethylation,GeneRegulation,GeneSetEnrichment,通路,回归,软件
版本	1.2.3
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(1年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.5)
进口	RobustRankAggreg,ggplot2,stringr统计数据,clusterProfiler,missMethyl,org.Hs.eg.db,reactome.db,BiocParallel,GO.db,AnnotationDbi,IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19,IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19
链接
建议	knitr,rmarkdown,testthat,enrichplot
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/reese3928/methylGSA
BugReports	https://github.com/reese3928/methylGSA/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	methylGSA_1.2.3.tar.gz
Windows二进制	methylGSA_1.2.3.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	methylGSA_1.2.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylGSA
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ methylGSA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/methylGSA/
包下载报告	下载数据