methyAnalysis

DOI:10.18129 / B9.bioc.methyAnalysis

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见methyAnalysis．

DNA甲基化数据分析与可视化

Bioconductor版本:3.9

methylanalysis包的目标是DNA甲基化数据分析和可视化。定义了一个methylgenoset类来保存染色体位置信息和数据。该软件包还包括从Methy-Seq数据估计甲基化水平的功能。

作者:潘度，理查德·布尔根

维护者:Pan Du ，黄磊，冯刚

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("methyAnalysis")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“methyAnalysis”)

PDF	R脚本	甲基分析包的介绍
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，微阵列，软件，可视化
版本	1.26.0
在Bioconductor	BioC 2.11 (R-2.15)(7年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.10)，网格，BiocGenerics，IRanges，GenomeInfoDb，GenomicRanges，Biobase(> = 2.34.0),org.Hs.eg.db
进口	grDevices, stats, utils，光民，methylumi，Gviz，genoset，SummarizedExperiment，IRanges，GenomicRanges，VariantAnnotation，rtracklayer，GenomicFeatures，注释，Biobase(> = 2.5.5),AnnotationDbi，genefilter，biomaRt，方法，并行
链接
建议	FDb.InfiniumMethylation.hg19，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我	methylumi
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	methyAnalysis_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	methyAnalysis_1.26.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	methyAnalysis_1.26.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methyAnalysis
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/methyAnalysis
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/methyAnalysis/
软件包下载报告	下载数据