methimpute

DOI:10.18129 / B9.bioc.methimpute

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本,请参见methimpute

从WGBS数据推断引导重建完整甲基组

Bioconductor版本:3.9

该包实现了调用基因组中所有胞嘧啶甲基化的功能。

作者:Aaron Taudt

维护者:Aaron Taudt < Aaron。Taudt在gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“methimpute”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("methimpute")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“methimpute”)

PDF R脚本 甲基化状态调用METHimpute
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 报道DNAMethylation表观遗传学HiddenMarkovModelImmunoOncology测序软件
版本 1.6.0
在Bioconductor BioC 3.6 (R-3.4)(2年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.4.0),GenomicRangesggplot2
进口 Rcpp(>= 0.12.4.5),方法,utils, grDevices, stats,GenomeInfoDbIRangesBiostringsreshape2minpack.lmdata.table
链接 Rcpp
建议 knitrBiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 methimpute_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 methimpute_1.6.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) methimpute_1.6.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methimpute
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/methimpute
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/methimpute/
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Bioconductor

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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网