网格

DOI:10.18129 / B9.bioc.meshes

这个包是Bioconductor的3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参阅网格。

网格丰富和语义分析

Bioconductor版本:3.9

MeSH(医学主题标题)是NLM控制的词汇，用于手动索引MEDLINE/PubMed的文章。通过gendoo、gene2pubmed和RBBH三种方法对Entrez基因ID进行分类。这种关联是丰富和语义分析的基础。网格支持基因列表或整个表达谱的富集分析(过表示和基因集富集分析)。网格术语的语义比较为计算基因和基因组之间的相似性提供了定量的方法。meshes实现了Resnik, Schlicker, Jiang, Lin和Wang提出的5种方法，支持70多个物种。

作者:余光闯[aut, cre]

维护人员:Guangchuang Yu

安装

要安装这个包，启动R(版本"3.6")，并输入:

如果(!require ("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("mesh ")

对于旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的这个包的版本文档，启动R并输入:

browseVignettes(“网格”)

超文本标记语言	R脚本	介绍网格
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文本		新闻

细节

biocViews	注释,聚类,MultipleComparison,软件
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (R-3.3)(3年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.4.0)
进口	AnnotationDbi,剂量(> = 3.5.1),enrichplot,GOSemSim(> = 1.99.3),MeSH.db、方法、rvcheck,跑龙套
链接
建议	knitr,MeSH.Cel.eg.db,MeSH.Hsa.eg.db,prettydoc
SystemRequirements
增强了
URL	https://guangchuangyu.github.io/software/meshes
BugReports	https://github.com/GuangchuangYu/meshes/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在你的R会话中使用这个包的说明。

源包	meshes_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	meshes_1.10.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	meshes_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/meshes
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/网格
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/meshes/
包下载报告	下载数据