mCSEA

DOI:10.18129 / B9.bioc.mCSEA

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见mCSEA．

甲基化CpGs集富集分析

Bioconductor版本:3.9

使用Illumina的450K或EPIC微阵列数据从人类基因组中识别预定义区域(启动子，CpG岛…)中的差异甲基化区域(DMRs)。提供基于线性模型对CpG探针进行排序的方法，并包括绘图函数。

作者:Jordi Martorell-Marugán和Pedro Carmona-Sáez

维护者:Jordi Martorell-Marugán

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“mCSEA”)

PDF	R脚本	预定义的DMRs识别与mCSEA包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，DifferentialMethylation，表观遗传学，遗传学，GenomeAnnotation，ImmunoOncology，MethylationArray，微阵列，MultipleComparison，软件，TwoChannel
版本	1.4.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(1.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.5)，mCSEAdata，Homo.sapiens
进口	biomaRt，fgsea，GenomicFeatures，GenomicRanges，ggplot2，图形，grDevices，Gviz，IRanges，limma平行,S4Vectors统计数据,SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议	Biobase，BiocGenerics，BiocStyle，FlowSorted.Blood.450k，knitr，leukemiasEset，minfi，minfiData，rmarkdown，RUnit
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	mCSEA_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	mCSEA_1.4.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	mCSEA_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mCSEA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/mCSEA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/mCSEA/
软件包下载报告	下载数据