烤肉串

doi：10.18129/b9.bioc.kebabs

该包适用于生物导体的3.9版；对于稳定的最新版本，请参阅烤肉串。

基于内核的生物序列分析

生物导体版本：3.9

该软件包通过基于SVM的方法对基于内核的DNA，RNA和氨基酸序列的分析提供了功能。作为核心功能，烤肉串在序列内核下实现：频谱内核，不匹配内核，gappy对核和图案内核。除了有效地实施标准位置无关的功能外，内核还以新颖的方式扩展，以考虑模式的位置。由于内核配方的灵活性，包括特殊情况将其他内核（如加权程度内核或移位加权程度内核和持续的位置加权）包括在内。内核的注释特异性变体使用沿序列放置的注释信息以及序列中的模式。该软件包允许生成内核矩阵或以密集或稀疏格式的明确特征表示，用于所有可用的内核，可与其他R软件包中实现的方法一起使用。通过关注基于SVM的方法，Kebabs提供了一个框架，可简化Kernlab，E1071和Liblinear中现有SVM实现的使用。二进制和多类分类以及回归任务可以以统一的方式使用，而无需处理所选SVM的不同功能，参数和格式。作为选择超参数的支持，该软件包提供了交叉验证 - 包括分组的交叉验证，网格搜索和模型选择功能。为了更轻松地对结果进行生物学解释，包装计算所有SVM和预测概况的权重，这些权重显示了单个序列位置对预测结果的贡献，并指示了序列部分对于学习结果和潜在的生物学功能的相关性。

作者：约翰内斯·帕尔姆

维护者：ulrich bodenhofer

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ kebabs”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“烤肉串”）

PDF	R脚本	烤肉串 - 基于内核的生物序列分析的R包装
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	分类，，，，聚类，，，，回归，，，，软件，，，，辅助视摩钦
版本	1.18.0
在生物导体中	Bioc 3.0（R-3.1）（5年）
执照	GPL（> = 2.1）
要看	r（> = 3.2.0），生物弦（> = 2.35.5），克恩拉布
进口	方法，统计，RCPP（> = 0.11.2），矩阵，，，，xvector（> = 0.7.3），S4VECTORS（> = 0.5.11），E1071，，，，liblinear，图形，grdevices，utils，APCLUSTER
链接	iranges，，，，xvector，，，，生物弦，，，，RCPP，，，，S4VECTORS
建议	Sparsem，，，，生物酶，，，，生物基因，，，，尼特
系统要求
增强
URL	http://www.bioinf.jku.at/software/kebabs/https://github.com/ubod/kebabs
取决于我	Procoil
进口我	Findmyfriends，，，，odseq
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	kebabs_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	kebabs_1.18.0.zip（32-和64位）
Mac OS X 10.11（El Capitan）	kebabs_1.18.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/kebabs
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/烤肉串
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/kebabs/
软件包下载报告	下载统计