理想的

DOI:10.18129 / B9.bioc.ideal

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本,请参见理想的

交互式微分表达式分析

Bioconductor版本:3.9

该软件包提供了rna测序数据集的交互式差异表达分析功能,以快速有效地提取差异表达下游步骤的信息。Shiny应用程序封装了整个包。

作者:Federico Marini [aut, cre]

维护者:Federico Marini

引文(从R内,输入引用(“理想”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ideal")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“理想”)

超文本标记语言 R脚本 理想用户指南
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews DifferentialExpressionGUIGeneExpressionGeneSetEnrichmentImmunoOncology质量控制RNASeqReportWriting测序软件可视化
版本 1.8.1
在Bioconductor BioC 3.5 (R-3.4)(2.5年)
许可证 MIT +文件许可
取决于 topGO
进口 DESeq2SummarizedExperimentGenomicRangesIRangesS4Vectorsggplot2(> = 2.0.0),d3heatmappheatmappcaExplorerIHWgplotsUpSetRgoseqstringrdplyrlimmaGOstatsGO.dbAnnotationDbi闪亮的(> = 0.12.0),shinydashboardshinyBSDTrentrezrintrojsggrepelknitrrmarkdownshinyAceBiocParallelgrDevices,base64enc、方法
链接
建议 testthatBiocStyle气道org.Hs.eg.dbTxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene反编排刨边机
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/federicomarini/idealhttps://federicomarini.github.io/ideal/
BugReports https://github.com/federicomarini/ideal/issues
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进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 ideal_1.8.1.tar.gz
Windows二进制 ideal_1.8.1.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan) ideal_1.8.1.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ideal
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ideal
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ideal/
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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网