这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本,请参见理想的.
Bioconductor版本:3.9
该软件包提供了rna测序数据集的交互式差异表达分析功能,以快速有效地提取差异表达下游步骤的信息。Shiny应用程序封装了整个包。
维护者:Federico Marini
引文(从R内,输入引用(“理想”)
):
要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ideal")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“理想”)
超文本标记语言 | R脚本 | 理想用户指南 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | DifferentialExpression,GUI,GeneExpression,GeneSetEnrichment,ImmunoOncology,质量控制,RNASeq,ReportWriting,测序,软件,可视化 |
版本 | 1.8.1 |
在Bioconductor | BioC 3.5 (R-3.4)(2.5年) |
许可证 | MIT +文件许可 |
取决于 | topGO |
进口 | DESeq2,SummarizedExperiment,GenomicRanges,IRanges,S4Vectors,ggplot2(> = 2.0.0),d3heatmap,pheatmap,pcaExplorer,IHW,gplots,UpSetR,goseq,stringr,dplyr,limma,GOstats,GO.db,AnnotationDbi,闪亮的(> = 0.12.0),shinydashboard,shinyBS,DT,rentrez,rintrojs,ggrepel,knitr,rmarkdown,shinyAce,BiocParallelgrDevices,base64enc、方法 |
链接 | |
建议 | testthat,BiocStyle,气道,org.Hs.eg.db,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,反编排,刨边机 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/federicomarini/idealhttps://federicomarini.github.io/ideal/ |
BugReports | https://github.com/federicomarini/ideal/issues |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | ideal_1.8.1.tar.gz |
Windows二进制 | ideal_1.8.1.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | ideal_1.8.1.tgz |
源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ideal |
源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ideal |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/ideal/ |
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