iasva

DOI:10.18129 / B9.bioc.iasva

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见iasva．

迭代调整代理变量分析

Bioconductor版本:3.9

迭代调整替代变量分析(IA-SVA)是一种统计框架，用于揭示隐藏的变化来源，即使这些来源是相关的。IA-SVA提供了一种灵活的方法来i)识别不需要的异质性的隐藏因素，同时调整所有已知因素;Ii)检验假定的隐藏因素对解释数据中未建模变化的显著性;iii)如果显著，则在下一次迭代中使用估计的因素作为额外的已知因素，以发现进一步的隐藏因素。

作者:李东亨[aut, cre]， Anthony Cheng [aut]， Nathan Lawlor [aut]， Duygu Ucar [aut]

维护者:Donghyung Lee ， Anthony Cheng

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("iasva")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“iasva”)

超文本标记语言	R脚本	检测单细胞RNA-Seq数据中的隐藏异质性
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect，FeatureExtraction，ImmunoOncology，预处理，质量控制，RNASeq，软件，StatisticalMethod
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(1年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.5)
进口	irlba统计数据,集群、图形、SummarizedExperiment，BiocParallel
链接
建议	knitr，testthat，rmarkdown，股东价值分析，Rtsne，pheatmap，corrplot，DescTools，RColorBrewer
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	iasva_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	iasva_1.2.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	iasva_1.2.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/iasva
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/iasva
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/iasva/
软件包下载报告	下载数据