hiReadsProcessor

DOI:10.18129 / B9.bioc.hiReadsProcessor

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅hiReadsProcessor。

函数来处理LM-PCR从454 / Illumina公司数据读取

Bioconductor版本:3.9

hiReadsProcessor包含的函数允许用户进程LM-PCR产品排序使用任何平台。给定一个excel /多路分解txt文件包含参数和样本的元数据,自动调整功能基因组的适配器和识别产品。基因产品进一步加工的质量控制和丰富量化。

作者:Nirav V Malani < malnirav gmail.com >

维护人员:Nirav V Malani < malnirav gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“hiReadsProcessor”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“hiReadsProcessor”)

HTML	R脚本	使用hiReadsProcessor
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	预处理,测序,软件
版本	1.20.1
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(5年)
许可证	GPL-3
取决于	Biostrings,GenomicAlignments,BiocParallel,hiAnnotatorR (> = 3.0)
进口	sonicLength,dplyr,BiocGenerics,GenomicRanges,readxl、方法
链接
建议	knitr,testthat
SystemRequirements	咩咩咩咩的叫声,UCSC hg18 2位格式
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	hiReadsProcessor_1.20.1.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	hiReadsProcessor_1.20.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/hiReadsProcessor
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ hiReadsProcessor
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/hiReadsProcessor/
包下载报告	下载数据