该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅Gwascat。
生物导体版本:3.9
在EMBL-EBI GWAS目录中代表和建模数据。
作者:vj Carey
维护者:vj Carey
引用(从r内,输入引用(“ Gwascat”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ gwascat”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“ Gwascat”)
R脚本 | Gwascat-探索NHGRI GWAS目录 | |
html | R脚本 | GWASCAT- GRANGE for GWAS HITS中的EBI目录 |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 遗传学,,,,软件 |
版本 | 2.16.1 |
在生物导体中 | Bioc 2.10(R-2.15)(7。5年) |
执照 | 艺术2.0 |
要看 | r(> = 3.5.0),同性恋 |
进口 | 方法,生物基因,,,,S4VECTORS(> = 0.9.25),iranges,,,,GenomeInfodB,,,,基因组机(> = 1.29.6),GenomicFeatures,,,,生物弦,,,,rsamtools,,,,rtracklayer,,,,AnnotationDbi |
链接 | |
建议 | do.db,,,,DT,utils,尼特,,,,rbgl,,,,运行,,,,snpstats,,,,GVIZ,,,,变体,,,,AnnotationHub,,,,gqtlstats,,,,图形,,,,GGBIO,,,,GGPLOT2,,,,延迟 |
系统要求 | |
增强 | snplocs.hsapiens.dbsnp144.grch37 |
URL | |
取决于我 | 举起,,,,vtpnet |
进口我 | |
建议我 | GenomicsCores,,,,GQTLBASE,,,,gqtlstats,,,,grasp2db,,,,hmdbquery,,,,parglms,,,,tfutils |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | gwascat_2.16.1.tar.gz |
Windows二进制 | gwascat_2.16.1.zip |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | gwascat_2.16.1.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gwascat |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:包装/gwascat |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/gwascat/ |
软件包下载报告 | 下载统计 |