groHMM

DOI:10.18129 / B9.bioc.groHMM

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本,请参见groHMM

GRO-seq分析管道

Bioconductor版本:3.9

用于分析GRO-seq数据的管道。

作者:Charles G. Danko, Minho Chae, Andre Martins, W. Lee Kraus

维护者:Anusha Nagari < Anusha。nagari at utsouthwest n.edu>, Tulip Nandu <郁金香。W. Lee Kraus < Lee . Kraus at utsouthwest n.edu>

引文(从R内,输入引用(“groHMM”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("groHMM")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“groHMM”)

PDF R脚本 groHMM教程
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 测序软件
版本 1.18.0
在Bioconductor BioC 3.0 (R-3.1)(5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.0.2),质量平行,S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),GenomeInfoDbGenomicRanges(> = 1.31.8),GenomicAlignments(> = 1.15.6),rtracklayer(> = 1.39.7)
进口
链接
建议 BiocStyleGenomicFeatures刨边机org.Hs.eg.dbTxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/Kraus-Lab/groHMM
BugReports https://github.com/Kraus-Lab/groHMM/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 groHMM_1.18.0.tar.gz
Windows二进制 groHMM_1.18.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan) groHMM_1.18.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/groHMM
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/groHMM
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/groHMM/
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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网