这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本,请参见groHMM.
Bioconductor版本:3.9
用于分析GRO-seq数据的管道。
作者:Charles G. Danko, Minho Chae, Andre Martins, W. Lee Kraus
维护者:Anusha Nagari < Anusha。nagari at utsouthwest n.edu>, Tulip Nandu <郁金香。W. Lee Kraus < Lee . Kraus at utsouthwest n.edu>
引文(从R内,输入引用(“groHMM”)
):
要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("groHMM")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“groHMM”)
R脚本 | groHMM教程 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 测序,软件 |
版本 | 1.18.0 |
在Bioconductor | BioC 3.0 (R-3.1)(5年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (>= 3.0.2),质量平行,S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),GenomeInfoDb,GenomicRanges(> = 1.31.8),GenomicAlignments(> = 1.15.6),rtracklayer(> = 1.39.7) |
进口 | |
链接 | |
建议 | BiocStyle,GenomicFeatures,刨边机,org.Hs.eg.db,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/Kraus-Lab/groHMM |
BugReports | https://github.com/Kraus-Lab/groHMM/issues |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | groHMM_1.18.0.tar.gz |
Windows二进制 | groHMM_1.18.0.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | groHMM_1.18.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/groHMM |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/groHMM |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/groHMM/ |
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