ggtree

DOI:10.18129 / B9.bioc.ggtree

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ggtree。

R包可视化和注释协变量的系统发育树和其他相关数据

Bioconductor版本:3.9

“ggtree”扩展了“ggplot2”绘图系统,实现图像的语法。“ggtree”是专为可视化和注释协变量的系统发育树和其他相关数据。

作者:Guangchuang Yu (cre, aut cph]黑色,汤米Tsan-Yuk Lam (aut),贾斯汀·西尔弗曼(施),布拉德利·琼斯(施)Watal m . Iwasaki(施)

维护人员:Guangchuang于< guangchuangyu gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ggtree”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ggtree”)

HTML	R脚本	ggtree
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,注释,聚类,DataImport,MultipleSequenceAlignment,ReproducibleResearch,软件,可视化
版本	1.16.6
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.4.0)
进口	猿,dplyr,ggplot2(> = 3.0.0)、网格magrittr、方法、purrr,rlang,rvcheck(> = 0.1.0),tidyr,tidytree(> = 0.2.4),treeio(> = 1.7.3),跑龙套
链接
建议	emojifont,ggimage,ggplotifygrDevices,knitr,prettydoc,rmarkdown,尺度,testthat,宠物猫
SystemRequirements
增强了
URL	https://yulab-smu.github.io/treedata-book/
BugReports	https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues
取决于我
进口我	林肯,LymphoSeq,philr,singleCellTK,universalmotif
建议我	metagenomeFeatures,treeio,TreeSummarizedExperiment
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ggtree_1.16.6.tar.gz
Windows二进制	ggtree_1.16.6.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	ggtree_1.16.6.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ggtree
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ggtree
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ggtree/
包下载报告	下载数据