ggcyto

DOI:10.18129 / B9.bioc.ggcyto

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ggcyto。

可视化与ggplot血细胞计数数据

Bioconductor版本:3.9

专用增强方法实现flowSet, ncdfFlowSet和GatingSet类,生和封闭的流式细胞仪数据可以直接与ggplot绘制。ggcyto包装和一些习惯了层还可以很容易地添加盖茨和人口统计的阴谋。

作者:迈克江

维修工:迈克江< wjiang2 fhcrc.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ggcyto”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ggcyto”)

HTML	R脚本	特性的总结ggcyto
HTML	R脚本	血细胞计数数据的快速绘制
HTML	R脚本	可视化与ggcyto flowSet
HTML	R脚本	可视化与ggcyto GatingSet
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CellBasedAssays,FlowCytometry,ImmunoOncology,基础设施,软件,可视化
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(3.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	方法,ggplot2(> = 2.2.1.9000),flowCore(> = 1.41.5),ncdfFlow(> = 2.17.1),flowWorkspace(> = 3.17.24)
进口	plyr,尺度,data.table,RColorBrewer,gridExtra,rlang
链接
建议	testthat,flowWorkspaceData,knitr,rmarkdown,flowStats,openCyto,flowViz,ggridges,vdiffr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/RGLab/ggcyto/issues
取决于我
进口我	CytoML
建议我	flowCore,flowWorkspace,openCyto
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ggcyto_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	ggcyto_1.12.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	ggcyto_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ggcyto
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ggcyto
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ggcyto/
包下载报告	下载数据