ggbio

DOI:10.18129 / B9.bioc.ggbio

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本,请参见ggbio

基因组数据的可视化工具

Bioconductor版本:3.9

ggbio包扩展并专门化了生物数据的图形语法。这些图表旨在回答常见的科学问题,特别是那些经常被问到的高通量基因组数据。在适当的情况下,支持所有核心Bioconductor数据结构。该软件包支持特定基因组区域的详细视图,以及全基因组概述。支持的概览包括表意文字和大线性视图。高级图包括序列片段长度、到数据视图的边链接间隔、不匹配堆积和几个拼接摘要。

作者:尹腾飞[aut], Michael Lawrence [aut, ths, cre], Dianne Cook [aut, ths], Johannes Rainer [ctb]

维护者:Michael Lawrence < Lawrence。Michael在gene.com>上报道

引文(从R内,输入引用(“ggbio”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("ggbio")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“ggbio”)

PDF 第0部分:介绍和快速入门
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 基础设施软件可视化
版本 1.32.0
在Bioconductor BioC 2.9 (R-2.14)(8年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 方法,BiocGenericsggplot2(> = 1.0.0)
进口 网格,grDevices,图形,统计,utils,gridExtra尺度reshape2gtableHmiscbiovizBase(> = 1.29.2),BiobaseS4Vectors(> = 0.13.13),IRanges(> = 2.11.16),GenomeInfoDb(> = 1.1.3),GenomicRanges(> = 1.29.14),SummarizedExperimentBiostringsRsamtools(> = 1.17.28),GenomicAlignments(> = 1.1.16),BSgenomeVariantAnnotation(> = 1.11.4),rtracklayer(> = 1.25.16),GenomicFeatures(> = 1.29.11),OrganismDbiGGallyensembldb(> = 1.99.13),AnnotationDbiAnnotationFilterrlang
链接
建议 vsnBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19Homo.sapiensTxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGenechipseqTxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGeneknitrBiocStyletestthatEnsDb.Hsapiens.v75tinytex
SystemRequirements
增强了
URL http://tengfei.github.com/ggbio/
BugReports https://github.com/tengfei/ggbio/issues
全靠我 咖啡馆intansv
进口我 derfinderPlotFourCSeqmsgbsRπR3CPETRariantReportingToolsRiboProfiling颈背SomaticSignatures
建议我 beadarrayensembldbgQTLstatsgwascatIHWpaperinteractiveDisplayregionReportRnBeadsSingle.mTEC.TranscriptomesSomaticCancerAlterationsStructuralVariantAnnotation
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 ggbio_1.32.0.tar.gz
Windows二进制 ggbio_1.32.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) ggbio_1.32.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ggbio
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ggbio
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ggbio/
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