这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本,请参见gCrisprTools.
Bioconductor版本:3.9
用于评估汇集的高通量筛选实验的工具集,通常采用CRISPR/Cas9或shRNA表达盒。包含在实验中询问库和盒式行为的方法,识别差异丰富的盒式,聚集信号以确定经验验证的候选目标,假设检验和综合报告。
作者:Russell Bainer, Dariusz Ratman, Steve Lianoglou, Peter Haverty
维护者:Peter Haverty < Haverty。Peter在gene.com>
引文(从R内,输入引用(“gCrisprTools”)
):
要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("gCrisprTools")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“gCrisprTools”)
超文本标记语言 | R脚本 | Example_Workflow_gCrisprTools |
超文本标记语言 | R脚本 | gCrisprTools_Vignette |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | BiomedicalInformatics,CRISPR,CellBiology,DifferentialExpression,ExperimentalDesign,FunctionalGenomics,GeneSetEnrichment,遗传学,ImmunoOncology,MultipleComparison,归一化,遗传药理学,药物基因组学,PooledScreens,预处理,质量控制,RNASeq,回归,软件,SystemsBiology,可视化 |
版本 | 1.12.0 |
在Bioconductor | BioC 3.4 (R-3.3)(3年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (>= 3.3) |
进口 | Biobase,limma,RobustRankAggreg,ggplot2,PANTHER.db,rmarkdown, grDevices,图形,统计,utils,并行 |
链接 | |
建议 | 刨边机,knitr、网格AnnotationDbi,org.Mm.eg.db,org.Hs.eg.db,RUnit,BiocGenerics |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | gCrisprTools_1.12.0.tar.gz |
Windows二进制 | gCrisprTools_1.12.0.zip |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | gCrisprTools_1.12.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gCrisprTools |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/gCrisprTools |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/gCrisprTools/ |
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