gCMAPWeb

DOI:10.18129 / B9.bioc.gCMAPWeb

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅gCMAPWeb。

一个web接口来的基因簇富集分析

Bioconductor版本:3.9

gCMAPWeb R包gCMAP包提供了一个图形用户界面。gCMAPWeb使用车包,可以使用在本地机器上,利用R的内部web服务器或web服务器运行在一个专用的rApache安装。gCMAPWeb允许用户搜索自己的数据来源和说明来生成参考数据集从公共存储库中包含的包。包支持三种常见类型的分析,特别是与1查询。查询一个或两组基因标识符,其成员预计将显示基因表达的变化方向一致。例如,一组差异基因可能包含基因转录因子的激活,抑制geneset目标压抑同样的因素。2。一组查询基因标识符,其成员预计将显示不同的微分表达式(无方向性的查询)。例如,一个特定的信号通路,其中一些可能是——一些抑制在响应刺激。3所示。 a query with the complete results of a differential expression profiling experiment. For example, gene identifiers and z-scores from a previous perturbation experiment. gCMAPWeb accepts three types of identifiers: EntreIds, gene Symbols and microarray probe ids and can be configured to work with any species supported by Bioconductor. For each query submission, significantly similar reference datasets will be identified and reported in graphical and tabular form.

作者:托马斯Sandmann

维护人员:托马斯Sandmann < Sandmann。在gmail.com t >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“gCMAPWeb”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“gCMAPWeb”)

PDF	R脚本	gCMAPWeb配置
PDF	R脚本	重新创建广泛的连接映射v1
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,GUI,GeneExpression,GeneSetEnrichment,微阵列,软件,转录,可视化
版本	1.24.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(6.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	Biobase,gCMAP(1.3.0 > =版本)、方法、R (> = 3.4),车
进口	酿造,BiocGenerics,注释,AnnotationDbi、图形、grDevicesGSEABase,hwriter、并行数据,跑龙套,yaml
链接
建议	affy,ArrayExpress,hgfocus.db,hgu133a.db,mgug4104a.db,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,RUnit
SystemRequirements
增强了	bigmemory,bigmemoryExtras
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	gCMAPWeb_1.24.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	gCMAPWeb_1.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gCMAPWeb
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ gCMAPWeb
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/gCMAPWeb/
包下载报告	下载数据