gCMAP

DOI:10.18129 / B9.bioc.gCMAP

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见gCMAP．

用于连接图类分析的工具

Bioconductor版本:3.9

gCMAP包提供了一个通过基因集富集分析比较差异基因表达谱的工具包。从标准化的微阵列或RNA-seq基因表达值(存储在ExpressionSet和CountDataSet对象的列表中)开始，包使用limma或DESeq包执行差异表达分析。提供一个简单的基因标识符列表，全局差异表达谱或来自完整实验的数据作为输入，用户可以使用几个知名基因集富集分析方法的统一集来检索基因表达变化相似的实验。为了考虑到基因表达变化的方向性，gCMAPQuery引入了SignedGeneSet类，直接从GSEABase包中扩展GeneSet。为了提高大型查询的性能，多个基因集以稀疏关联矩阵的形式存储在CMAPCollection集中。gCMAP提供了1的实现。费雪精确测试(费雪，J R Stat Soc, 1922)“连通性地图”方法(Lamb et al, Science, 2006)参数和非参数t统计摘要(Jiang & Gentleman，生物信息学，2007)和4。Wilcoxon / Mann-Whitney秩和统计(Wilcoxon, biomeics Bulletin, 1945)以及5。 camera (Wu & Smyth, Nucleic Acid Res, 2012) 6. mroast and romer (Wu et al, Bioinformatics, 2010) functions from the limma package and 7. wraps the gsea method from the mgsa package (Bauer et al, NAR, 2010). All methods return CMAPResult objects, an S4 class inheriting from AnnotatedDataFrame, containing enrichment statistics as well as annotation data and providing simple high-level summary plots.

作者:Thomas Sandmann < Sandmann。T在gmail.com>，Richard Bourgon and Sarah Kummerfeld

维护者:Thomas Sandmann < Sandmann。T在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("gCMAP")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“gCMAP”)

PDF	R脚本	创建参考数据集
PDF	R脚本	gCMAP类和方法
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，微阵列，通路，软件
版本	1.28.0
在Bioconductor	BioC 2.11 (R-2.15)(7年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	GSEABase，limma(> = 3.20.0)
进口	Biobase、方法、GSEAlm，类别，矩阵(>= 1.0.9)，平行，注释，genefilter，AnnotationDbi，DESeq， grDevices，图形，统计，utils，bigmemory，bigmemoryExtras(> = 1.1.2)
链接
建议	BiocGenerics，KEGG.db，reactome.db，RUnit，GO.db，mgsa
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	gCMAPWeb
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	gCMAP_1.28.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	gCMAP_1.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gCMAP
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/gCMAP
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/gCMAP/
软件包下载报告	下载数据