epihet

DOI:10.18129 / B9.bioc.epihet

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅epihet。

从酸性亚硫酸盐测序数据确定表观遗传异质性

Bioconductor版本:3.9

epihet之间是一个计算表观遗传异质性的R-package癌细胞和正常细胞。函数建立一个管道,在酸性亚硫酸盐测序数据从多个样本和使用数据来跟踪在epipolymorphism异同,比例不一致地甲基化测序读(PDR)和香农熵值在epialleles样本之间的共享。epihet可以用来执行分析数据通过创建pheatmaps盒阴谋,PCA情节,t-SNE情节。马情节也可以由计算微分样本的异质性。我们构建co-epihet网络和执行网络分析。

作者:陈晓文(aut (cre) Haitham Ashoor (aut),瑞安Musich (aut),以下张(aut),王(aut)、盛李(aut)

维护人员:晓文陈<晓文。陈在jax.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“epihet”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“epihet”)

PDF	R脚本	epihet
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,表观遗传学,MethylSeq,测序,软件
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(< 6个月)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.6),GenomicRanges,IRanges,S4Vectors,ggplot2,foreach,Rtsne,igraph
进口	data.table,doParallel,EntropyExplorer、图形、数据、grDevicespheatmap跑龙套,qvalue,WGCNA,ReactomePA
链接
建议	knitr,clusterProfiler,ggfortify,org.Hs.eg.db,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/TheJacksonLaboratory/epihet
BugReports	https://github.com/TheJacksonLaboratory/epihet/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	epihet_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	epihet_1.0.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	epihet_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/epihet
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ epihet
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/epihet/
包下载报告	下载数据