边缘

DOI:10.18129 / B9.bioc.edge

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅边缘。

基因差异表达的提取

Bioconductor版本:3.9

边包实现方法进行差异表达分析的全基因组基因表达研究。意义测试使用最佳的发现过程和广义似然比检测(相当于野生和t)实现总体研究设计。特殊功能可以促进共同研究设计的分析,包括时间课程实验。等其他包核材料、上海广电和qvalue集成在边缘提供一个广泛的工具,用于基因表达分析。

作者:约翰·d·层,杰弗里·t .韭菜和安德鲁j .鲈鱼

维修工:约翰·d·层< jstorey princeton.edu >,安德鲁j .低音< ajbass princeton.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“边缘”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“边缘”)

PDF	R脚本	包边
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport,DifferentialExpression,GeneExpression,MultipleComparison,回归,软件,TimeCourse
版本	2.16.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(4.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可
取决于	R (> = 3.1.0),Biobase
进口	方法、样条函数股东价值分析,球形结构,稻草人,qvalue(> = 1.99.0),质量
链接
建议	testthat,knitr,ggplot2,reshape2
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jdstorey/edge
BugReports	https://github.com/jdstorey/edge/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	edge_2.16.0.tar.gz
Windows二进制	edge_2.16.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	edge_2.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/edge
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/边缘
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/edge/
包下载报告	下载数据