easyRNASeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.easyRNASeq

此包适用于Bioconductor的3.9版;有关稳定的、最新的发布版本，请参见easyRNASeq。

RNA-Seq数据的计数汇总和归一化

Bioconductor版本:3.9

根据参考基因组计算高通量短读的覆盖范围，并按感兴趣的特征(如外显子、基因、转录本)对其进行总结。数据可以归一化为'RPKM'或'DESeq'或'edgeR'包。

作者:Nicolas Delhomme, Ismael Padioleau, Bastian Schiffthaler, Niklas Maehler

维护人员:Nicolas Delhomme < Nicolas . Delhomme at umu.se>

安装

要安装此包，请启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("easyRNASeq")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“easyRNASeq”)

超文本标记语言	R脚本	geneNetworkR
PDF	R脚本	R / Bioconductor用于高通量序列分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,遗传学,ImmunoOncology,预处理,RNASeq,软件
版本	2.20.0
Bioconductor自	BioC 2.10 (R-2.15)(7.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	Biobase(> = 2.41.2),BiocFileCache(> = 1.7.10),BiocGenerics(> = 0.27.1),BiocParallel(> = 1.15.15),biomaRt(> = 2.37.9),Biostrings(> = 2.49.2),DESeq(> = 1.33.0),刨边机(> = 3.23.6),GenomeInfoDb(> = 1.17.4),genomeIntervals(> = 1.37.0),GenomicAlignments(> = 1.17.3),GenomicRanges(> = 1.33.14),SummarizedExperiment(> = 1.11.6)、图形IRanges(> = 2.15.18),迷幻药(> = 4.0),locfit、方法、并行rappdirs(> = 0.3.1),Rsamtools(> = 1.33.7),S4Vectors(> = 0.19.23),ShortRead(> = 1.39.0),跑龙套
链接
建议	BiocStyle(> = 2.9.6),BSgenome(> = 1.49.5),BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3(> = 1.4.0),旋度,knitr,rmarkdown,RUnit(> = 0.4.32)
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	msgbsR
建议我	SeqGSEA
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	easyRNASeq_2.20.0.tar.gz
Windows二进制	easyRNASeq_2.20.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	easyRNASeq_2.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/easyRNASeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ easyRNASeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/easyRNASeq/
包下载报告	下载数据