这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅diffloop。
Bioconductor版本:3.9
一套工具构造子集,可视化,注释,统计分析结果的一个或多个ChIA-PET实验或其他化验,推断染色质循环。
作者:迦勒Lareau (aut (cre),马丁·阿尔耶前来(aut)
维护人员:迦勒Lareau < caleblareau g.harvard.edu >
从内部引用(R,回车引用(“diffloop”)
):
安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“diffloop”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“diffloop”)
HTML | R脚本 | diffloop:确定微分循环从染色质DNA拓扑数据。 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | DataImport,DataRepresentation,去,预处理,质量控制,软件,可视化 |
版本 | 1.12.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.3 (r - 3.3)(3.5年) |
许可证 | 麻省理工学院+文件许可 |
取决于 | |
进口 | 方法,GenomicRanges,foreach,plyr,dplyr,reshape2,ggplot2,matrixStats,寿司,刨边机,locfit,statmod,biomaRt,GenomeInfoDb,S4Vectors,IRangesgrDevices图形,统计,跑龙套,Biobase,readr,data.table,rtracklayer,pbapply,limma |
链接 | |
建议 | DESeq2,diffloopdata,ggrepel,knitr,rmarkdown,testthat |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/aryeelab/diffloop |
BugReports | https://github.com/aryeelab/diffloop/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | diffloop_1.12.0.tar.gz |
Windows二进制 | diffloop_1.12.0.zip |
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | diffloop_1.12.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/diffloop |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ diffloop |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/diffloop/ |
包下载报告 | 下载数据 |