这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅derfinder。
Bioconductor版本:3.9
这个包提供了annotation-agnostic微分函数表达式RNA-seq数据的分析。德仪的两个实现方法都包含在这个包中:(1)单级统计量和(2)表示regions-level DER识别。DER Finder方法也可以用来识别不同界ChIP-seq峰值。
作者:达芬奇Collado-Torres (aut (cre)Alyssa c . Frazee[所有],安德鲁·e·贾菲(aut)黑色,杰弗里·t .韭菜(aut)
维护人员:达芬奇Collado-Torres < lcolladotor gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“derfinder”)
):
安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“derfinder”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“derfinder”)
HTML | R脚本 | derfinder快速入门指南 |
HTML | R脚本 | derfinder用户指南 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | ChIPSeq,DifferentialExpression,DifferentialPeakCalling,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件 |
版本 | 1.18.9 |
Bioconductor自 | BioC 3.0 (r - 3.1)(5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (> = 3.2) |
进口 | BiocGenerics(> = 0.25.1),AnnotationDbi(> = 1.27.9),BiocParallel(> = 1.15.15),bumphunter(> = 1.9.2),derfinderHelper(> = 1.1.0),GenomeInfoDb(> = 1.3.3),GenomicAlignments,GenomicFeatures,GenomicFiles,GenomicRanges(> = 1.17.40),Hmisc,IRanges(> = 2.3.23)、方法qvalue(> = 1.99.0),Rsamtools(> = 1.25.0),rtracklayer,S4Vectors(> = 0.9.38),统计数据 |
链接 | |
建议 | BiocStyle(> = 2.5.19),biovizBase,sessioninfo,derfinderData(> = 0.99.0),derfinderPlot,DESeq2,ggplot2,knitcitations(> = 1.0.1),knitr(> = 1.6),limma,RefManageR,rmarkdown(> = 0.3.3),testthat(> =魅惑,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/lcolladotor/derfinder |
BugReports | https://support.bioconductor.org/t/derfinder/ |
取决于我 | |
进口我 | derfinderPlot,重新计票,recountWorkflow,regionReport |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | derfinder_1.18.9.tar.gz |
Windows二进制 | derfinder_1.18.9.zip |
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | derfinder_1.18.9.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/derfinder |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ derfinder |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/derfinder/ |
包下载报告 | 下载数据 |