Deepsnv

doi:10.18129/b9.bioc.deepsnv

该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅Deepsnv

在深度测序数据中检测亚克隆SNV。

生物导体版本:3.9

该软件包提供了用于检测超深(> = 100倍覆盖)测序实验中亚克隆突变的定量变体呼叫者。DeepSNV算法用于与同一基因座的控制实验的比较设置,并使用β-二元模型和似然比测试来区分测序误差和亚克隆SNV。Shearwater算法根据Beta -binomial模型计算贝叶斯分类器,用于用于具有多个样本的变体模型,用于精确估计模型参数(例如局部错误率和分散)以及先验知识,例如。从变异数据库(例如宇宙)。

作者:Niko Beerenwinkel [THS],David Jones [CTB],Inigo Martincorena [CTB],Moritz Gerstung [AUT,CRE]

维护者:莫里茨·吉斯通

引用(从r内,输入引用(“ DeepSNV”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ deepsnv”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ DeepSNV”)

PDF R脚本 用于检测深度测序实验中低频变体的R包装
html R脚本 Shearwater ML
PDF R脚本 亚克隆变体呼叫带有多个样本的呼叫,并使用剪切水的先验知识
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 DataImport,,,,遗传因素,,,,遗传学,,,,SNP,,,,测序,,,,软件
版本 1.30.0
在生物导体中 Bioc 2.10(R-2.15)(7。5年)
执照 GPL-3
要看 R(> = 2.13.0),方法,图形,并行,Rhtslib,,,,iranges,,,,基因组机,,,,总结性特征,,,,生物弦,,,,VGAM,,,,变体(> = 1.13.44)
进口 Rhtslib
链接 Rhtslib(> = 1.13.1)
建议 rcolorbrewer,,,,尼特,,,,rmarkDown
系统要求
增强
URL http://github.com/gerstung-lab/deepsnv
取决于我
进口我
建议我 Genomicfiles
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 DeepSNV_1.30.0.tar.gz
Windows二进制 deepSNV_1.30.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) DeepSNV_1.30.0.TGZ
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/deepsnv
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/deepsnv
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/deepsnv/
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