该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅Deepsnv。
生物导体版本:3.9
该软件包提供了用于检测超深(> = 100倍覆盖)测序实验中亚克隆突变的定量变体呼叫者。DeepSNV算法用于与同一基因座的控制实验的比较设置,并使用β-二元模型和似然比测试来区分测序误差和亚克隆SNV。Shearwater算法根据Beta -binomial模型计算贝叶斯分类器,用于用于具有多个样本的变体模型,用于精确估计模型参数(例如局部错误率和分散)以及先验知识,例如。从变异数据库(例如宇宙)。
作者:Niko Beerenwinkel [THS],David Jones [CTB],Inigo Martincorena [CTB],Moritz Gerstung [AUT,CRE]
维护者:莫里茨·吉斯通
引用(从r内,输入引用(“ DeepSNV”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ deepsnv”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“ DeepSNV”)
R脚本 | 用于检测深度测序实验中低频变体的R包装 | |
html | R脚本 | Shearwater ML |
R脚本 | 亚克隆变体呼叫带有多个样本的呼叫,并使用剪切水的先验知识 | |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | DataImport,,,,遗传因素,,,,遗传学,,,,SNP,,,,测序,,,,软件 |
版本 | 1.30.0 |
在生物导体中 | Bioc 2.10(R-2.15)(7。5年) |
执照 | GPL-3 |
要看 | R(> = 2.13.0),方法,图形,并行,Rhtslib,,,,iranges,,,,基因组机,,,,总结性特征,,,,生物弦,,,,VGAM,,,,变体(> = 1.13.44) |
进口 | Rhtslib |
链接 | Rhtslib(> = 1.13.1) |
建议 | rcolorbrewer,,,,尼特,,,,rmarkDown |
系统要求 | |
增强 | |
URL | http://github.com/gerstung-lab/deepsnv |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | Genomicfiles |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | DeepSNV_1.30.0.tar.gz |
Windows二进制 | deepSNV_1.30.0.zip |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | DeepSNV_1.30.0.TGZ |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/deepsnv |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/deepsnv |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/deepsnv/ |
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