decompTumor2Sig

DOI:10.18129 / B9.bioc.decompTumor2Sig

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅decompTumor2Sig。

分解的个体肿瘤突变签名,签名改装

Bioconductor版本:3.9

使用二次规划签名改装。,to decompose the mutation catalog from an individual tumor sample into a set of given mutational signatures (either Alexandrov-model signatures or Shiraishi-model signatures), computing weights that reflect the contributions of the signatures to the mutation load of the tumor.

作者:罗萨里奥m . Piro (aut (cre),桑德拉·克鲁格(施)

维护人员:罗萨里奥m . Piro < rmpiro gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“decompTumor2Sig”)

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细节

biocViews	BiologicalQuestion,BiomedicalInformatics,DNASeq,遗传学,GenomicVariation,单核苷酸多态性,测序,软件,SomaticMutation,StatisticalMethod
版本	2.0.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(< 6个月)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.6),ggplot2
进口	方法,矩阵,quadprog(> = 1.5 5),vcfR,GenomicRanges统计数据,GenomicFeatures,Biostrings,BiocGenerics,S4Vectors,plyr跑龙套,图形,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,VariantAnnotation,SummarizedExperiment,ggseqlogo,gridExtra,data.table
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	http://rmpiro.net/decompTumor2Sig/https://github.com/rmpiro/decompTumor2Sig
BugReports	https://github.com/rmpiro/decompTumor2Sig/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	decompTumor2Sig_2.0.0.tar.gz
Windows二进制	decompTumor2Sig_2.0.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	decompTumor2Sig_2.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/decompTumor2Sig
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ decompTumor2Sig
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/decompTumor2Sig/
包下载报告	下载数据