该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅碎片器。
生物导体版本:3.9
生物信息学平台包含用于差异基因和区域表达研究的交互式图和表。允许以交互式和更快的方式更深入地看到表达数据。通过更改参数,用户可以轻松地发现以前从未做过的数据的不同部分。手动创建和查找这些图需要时间。借助DeBrowser用户可以在不编写任何代码的情况下准备地图。在现场进行差异表达,PCA和聚类分析,并在各种图中显示了结果,例如散点,杆,盒子,火山,MA图和热图。
作者:Alper kucukural
维护者:alper kucukural
引用(从r内,输入引用(“ deBrowser”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ deBrowser”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
browsevignettes(“ deBrowser”)
html | R脚本 | DeBrowser Vignette |
参考手册 | ||
文本 | 消息 | |
文本 | 执照 |
生物浏览 | chipseq,,,,聚类,,,,差异性,,,,基因表达,,,,免疫学,,,,rnaseq,,,,测序,,,,软件 |
版本 | 1.12.3 |
在生物导体中 | Bioc 3.3(R-3.3)(3。5年) |
执照 | GPL-3 +文件许可证 |
要看 | R(> = 3.5.0) |
进口 | 闪亮的,,,,jsonlite,,,,Shinyjs,,,,发光的dashboard,,,,丝绸,,,,GPLOTS,,,,DT,,,,GGPLOT2,,,,rcolorbrewer,,,,注释,,,,AnnotationDbi,,,,deseq2,,,,剂量,,,,Igraph,grdevices,图形,统计,utils,基因组机,,,,iranges,,,,S4VECTORS,,,,总结性特征,,,,Stringi,,,,RESHAPE2,,,,D3 -HeatMap,,,,org.hs.eg.db,,,,org.mm.eg.db,,,,林玛,,,,EDGER,,,,clusterProfiler, 方法,SVA,,,,rcurl,,,,富集,,,,颜色,,,,情节,,,,热图,,,,哈曼,,,,PathView |
链接 | |
建议 | 测试,,,,rmarkDown,,,,尼特,,,,R.RSP |
系统要求 | |
增强 | |
URL | https://github.com/umms-biocore/debrowser |
BugReports | https://github.com/umms-biocore/debrowser/issues/new |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | deBrowser_1.12.3.3.tar.gz |
Windows二进制 | deBrowser_1.12.3.3.zip |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | deBrowser_1.12.3.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/debrowser |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/debrowser |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/debrowser/ |
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