碎片器

doi:10.18129/b9.bioc.debrowser

该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅碎片器

交互式差分分析分析浏览器

生物导体版本:3.9

生物信息学平台包含用于差异基因和区域表达研究的交互式图和表。允许以交互式和更快的方式更深入地看到表达数据。通过更改参数,用户可以轻松地发现以前从未做过的数据的不同部分。手动创建和查找这些图需要时间。借助DeBrowser用户可以在不编写任何代码的情况下准备地图。在现场进行差异表达,PCA和聚类分析,并在各种图中显示了结果,例如散点,杆,盒子,火山,MA图和热图。

作者:Alper kucukural ,onur yukselen ,manuel garber

维护者:alper kucukural

引用(从r内,输入引用(“ deBrowser”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ deBrowser”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ deBrowser”)

html R脚本 DeBrowser Vignette
PDF 参考手册
文本 消息
文本 执照

细节

生物浏览 chipseq,,,,聚类,,,,差异性,,,,基因表达,,,,免疫学,,,,rnaseq,,,,测序,,,,软件
版本 1.12.3
在生物导体中 Bioc 3.3(R-3.3)(3。5年)
执照 GPL-3 +文件许可证
要看 R(> = 3.5.0)
进口 闪亮的,,,,jsonlite,,,,Shinyjs,,,,发光的dashboard,,,,丝绸,,,,GPLOTS,,,,DT,,,,GGPLOT2,,,,rcolorbrewer,,,,注释,,,,AnnotationDbi,,,,deseq2,,,,剂量,,,,Igraph,grdevices,图形,统计,utils,基因组机,,,,iranges,,,,S4VECTORS,,,,总结性特征,,,,Stringi,,,,RESHAPE2,,,,D3 -HeatMap,,,,org.hs.eg.db,,,,org.mm.eg.db,,,,林玛,,,,EDGER,,,,clusterProfiler, 方法,SVA,,,,rcurl,,,,富集,,,,颜色,,,,情节,,,,热图,,,,哈曼,,,,PathView
链接
建议 测试,,,,rmarkDown,,,,尼特,,,,R.RSP
系统要求
增强
URL https://github.com/umms-biocore/debrowser
BugReports https://github.com/umms-biocore/debrowser/issues/new
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 deBrowser_1.12.3.3.tar.gz
Windows二进制 deBrowser_1.12.3.3.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) deBrowser_1.12.3.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/debrowser
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/debrowser
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/debrowser/
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