crlmm

DOI:10.18129 / B9.bioc.crlmm

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本,请参见crlmm

用于Affymetrix SNP 5.0和6.0和Illumina阵列的基因型呼叫(CRLMM)和拷贝数分析工具

Bioconductor版本:3.9

更快地实现特定于SNP 5.0和6.0阵列的CRLMM,以及特定于5.0、6.0和Illumina平台的拷贝号工具。

作者:Benilton S Carvalho, Robert Scharpf, Matt Ritchie, Ingo Ruczinski, Rafael A Irizarry

维护者:Benilton S Carvalho < unicamp的Benilton。br>, Robert Scharpf , Matt Ritchie

引文(从R内,输入引用(“crlmm”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("crlmm")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“crlmm”)

PDF 拷贝数估计
PDF 小插图-下游分析
PDF R脚本 crlmm Vignette -基因分型
PDF 拷贝数分析的基础设施
PDF 拷贝数小插图概述
PDF 用于拷贝数分析的Illumina阵列预处理和基因分型
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews CopyNumberVariation微阵列预处理单核苷酸多态性软件
版本 1.42.0
在Bioconductor BioC 2.4 (R-2.9)(10.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 2.14.0),oligoClasses(> = 1.21.12),preprocessCore(> = 1.17.7)
进口 方法,Biobase(> = 2.15.4),BiocGenericsaffyio(> = 1.23.2),illuminaio椭圆mvtnorm,样条,统计,SNPchip跑龙套,晶格ffforeachRcppEigen(> = 0.3.1.2.1),matrixStatsVGAM,并行,图形,limmabeanplot
链接 preprocessCore(> = 1.17.7)
建议 hapmapsnp6genomewidesnp6Crlmm(> = 1.0.7),GGdatasnpStatsRUnit
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我 VanillaICE
建议我 ArrayTVhapmap370koligoClassesSNPchip
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 crlmm_1.42.0.tar.gz
Windows二进制 crlmm_1.42.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) crlmm_1.42.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/crlmm
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/crlmm
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/crlmm/
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