cpvSNP

DOI:10.18129 / B9.bioc.cpvSNP

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅cpvSNP。

基因SNP协会建立分析方法假定值位于基因在特定基因集

Bioconductor版本:3.9

基因分析方法存在SNP-level协会假定值组合为基因集,计算一个协会假定值为每个基因集。这个包实现了两个这样的方法,只需要计算SNP假定值,感兴趣的基因集(s),和一个相关矩阵(如果需要)。一个方法(GLOSSI)需要独立的单核苷酸多态性和其他(拉斯维加斯)可以考虑相关性(LD)单核苷酸多态性。内置的绘图函数可用来帮助用户可视化结果。

作者:凯特琳麦克休、杰西卡·拉尔森和杰森·哈克尼

维护人员:凯特琳麦克休< mchughc uw.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“cpvSNP”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“cpvSNP”)

PDF	R脚本	基因分析和运行“cpvSNP”包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneSetEnrichment,遗传学,GenomicVariation,通路,软件,StatisticalMethod
版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 2.10),GenomicFeatures,GSEABase(> = 1.24.0)
进口	方法,corpcor,BiocParallel,ggplot2,plyr
链接
建议	TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,RUnit,BiocGenerics,ReportingTools,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	cpvSNP_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	cpvSNP_1.16.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	cpvSNP_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cpvSNP
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ cpvSNP
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cpvSNP/
包下载报告	下载数据