这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本,请参见countsimQC。
Bioconductor版本:3.9
countsimQC提供了创建一个综合报告的功能,该报告比较了一组计数矩阵的广泛特征。一个重要的用例是将一个或多个合成计数矩阵与真实计数矩阵(可能是模拟的基础矩阵)进行比较。然而,任何计数矩阵集合都可以进行比较。
作者:Charlotte Soneson [aut, cre]
维护者:Charlotte Soneson
引文(从R内,输入引用(“countsimQC”)
):
要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("countsimQC")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放。
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“countsimQC”)
超文本标记语言 | R脚本 | countsimQC用户指南 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | ExperimentalDesign,ImmunoOncology,微生物组,质量控制,RNASeq,ReportWriting,SingleCell,软件,可视化 |
版本 | 1.2.0 |
在Bioconductor | BioC 3.8 (R-3.5)(1年) |
许可证 | GPL (> = 2) |
取决于 | R (>= 3.5) |
进口 | rmarkdown(> = 0.9.5),刨边机,DESeq2(> = 1.16.0),dplyr,tidyr,ggplot2设备,工具,SummarizedExperiment,genefilter,DT,GenomeInfoDbData,caTools,randtests,统计,utils,方法 |
链接 | |
建议 | knitr,testthat |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | countsimQC_1.2.0.tar.gz |
Windows二进制 | countsimQC_1.2.0.zip |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | countsimQC_1.2.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/countsimQC |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/countsimQC |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/countsimQC/ |
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