该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅共识。
生物导体版本:3.9
该软件包允许用户使用多种算法执行DE分析。它从多种方法中寻求共识。目前,它支持“ VOOM”,“ EDGER”和“ DESEQ”。它使用ruv-seq(可选)来删除不需要的变化来源。
作者:Ashley J. Waardenberg
维护者:Ashley J. Waardenberg
引用(从r内,输入引用(“共识”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“共识”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
browsevignettes(“共识”)
html | R脚本 | 共识 |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 聚类,,,,多重组合,,,,测序,,,,软件,,,,转录组学 |
版本 | 1.2.1 |
在生物导体中 | Bioc 3.8(R-3.5)(1年) |
执照 | GPL-3 |
要看 | r(> = 3.5),生物基因 |
进口 | 呼吸道,,,,AnnotationDbi,,,,生物比较,,,,生物酶,,,,生物弦,,,,Data.Table,,,,Dendextend,,,,deseq2(> = 1.20.0),EDASEQ,,,,Ensembldb,,,,EDGER,,,,ensdb.hsapiens.v86,,,,基因组签名,,,,GenomicFeatures,,,,林玛,,,,org.hs.eg.db,,,,pcamethods,,,,rcolorbrewer,,,,rsamtools,,,,Ruvseq,,,,S4VECTORS,统计总结性特征,,,,txdb.dmelanogaster.ucsc.dm3.ensgene,UTILS |
链接 | |
建议 | 尼特,,,,rmarkDown |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | 共识_1.2.1.tar.gz |
Windows二进制 | 共识_1.2.1.zip |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | 共识_1.2.1.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/consensusde |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:包装/共识 |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/consensusde/ |
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