共识

doi:10.18129/b9.bioc.consensusde

该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅共识

使用多种算法的RNA-seq分析

生物导体版本:3.9

该软件包允许用户使用多种算法执行DE分析。它从多种方法中寻求共识。目前,它支持“ VOOM”,“ EDGER”和“ DESEQ”。它使用ruv-seq(可选)来删除不需要的变化来源。

作者:Ashley J. Waardenberg

维护者:Ashley J. Waardenberg

引用(从r内,输入引用(“共识”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“共识”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“共识”)

html R脚本 共识
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 聚类,,,,多重组合,,,,测序,,,,软件,,,,转录组学
版本 1.2.1
在生物导体中 Bioc 3.8(R-3.5)(1年)
执照 GPL-3
要看 r(> = 3.5),生物基因
进口 呼吸道,,,,AnnotationDbi,,,,生物比较,,,,生物酶,,,,生物弦,,,,Data.Table,,,,Dendextend,,,,deseq2(> = 1.20.0),EDASEQ,,,,Ensembldb,,,,EDGER,,,,ensdb.hsapiens.v86,,,,基因组签名,,,,GenomicFeatures,,,,林玛,,,,org.hs.eg.db,,,,pcamethods,,,,rcolorbrewer,,,,rsamtools,,,,Ruvseq,,,,S4VECTORS,统计总结性特征,,,,txdb.dmelanogaster.ucsc.dm3.ensgene,UTILS
链接
建议 尼特,,,,rmarkDown
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 共识_1.2.1.tar.gz
Windows二进制 共识_1.2.1.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) 共识_1.2.1.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/consensusde
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/共识
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/consensusde/
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