compartmap

DOI:10.18129 / B9.bioc.compartmap

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅compartmap。

A / B室从ATAC-seq和甲基化数组数据推理

Bioconductor版本:3.9

Compartmap执行A / B室推理从ATAC-seq萎缩和甲基化数组。

作者:本杰明·约翰逊(aut (cre)蒂姆Triche (aut) Kasper汉森(aut),让-菲利普•福丁(aut)

维护人员:本杰明·约翰逊<本。约翰逊在vai.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“compartmap”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“compartmap”)

HTML	R脚本	A / B室与compartmap推理
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ATACSeq,表观遗传学,遗传学,ImmunoOncology,MethylSeq,MethylationArray,软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(1年)
许可证	GPL-3 +文件许可
取决于	R (> = 3.5.0),minfi,Homo.sapiens,mixOmics
进口	SummarizedExperiment,GenomicRanges,gtools、并行
链接
建议	covr,testthat,knitr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/biobenkj/compartmap
BugReports	https://github.com/biobenkj/compartmap/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	compartmap_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	compartmap_1.2.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	compartmap_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/compartmap
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ compartmap
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/compartmap/
包下载报告	下载数据