可乐

DOI:10.18129 / B9.bioc.cola

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅可乐。

一个共识和分层分区的框架

Bioconductor版本:3.9

子群分类是基因组数据分析的基本任务,特别是对于基因表达数据和甲基化数据。它可以预测小说子组没有什么了解的数据时也可以测试之间的一致性预测子组与已知的注释。可乐包提供了一个通用框架群分类一致通过集群。它有以下特点:1。它模块化聚类过程的共识,各种方法可以轻松集成。2。它提供了丰富的可视化解释结果。3所示。它允许同时运行多个方法,并提供了功能比较结果在一个简单的方法。4所示。 It provides a new method to extract features which are more efficient to separate subgroups. 5. It allows doing partitioning in a hierarchical way to detect subgroups with relatively smaller difference. 6. It generates detailed reports for the complete analysis.

作者:Zuguang顾

维护人员:Zuguang顾< z。顾在dkfz.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“可乐”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“可乐”)

HTML	R脚本	1。使用可乐的包的快速启动
HTML	R脚本	2。一个共识和分层分区的框架
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	分类,聚类,GeneExpression,软件
版本	1.0.1
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(< 6个月)
许可证	麻省理工学院+文件许可
取决于	R (> = 3.6.0)
进口	grDevices、图形、网格数据,跑龙套,ComplexHeatmap(> = 2.0.0),matrixStats,GetoptLong,circlize(> = 0.4.7),GlobalOptions(> = 0.1.0),线索平行,RColorBrewer,集群,skmeans,png,mclust,蜡笔、方法、xml2,微基准测试,httr,knitr,减价,消化,嫁祸于,酿造,Rcpp(> = 0.11.0)它,BiocGenerics,eulerr
链接	Rcpp
建议	genefilter,mvtnorm,testthat(> = 0.3),data.tree,dendextend,samr,pamr,kohonen,NMF,WGCNA,Rtsne,umap,clusterProfiler,AnnotationDbi,gplots
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jokergoo/cola
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	cola_1.0.1.tar.gz
Windows二进制	cola_1.0.1.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	cola_1.0.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cola
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/可乐
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cola/
包下载报告	下载数据