clusterProfiler

DOI:10.18129 / B9.bioc.clusterProfiler

此包适用于Bioconductor的3.9版;有关稳定的、最新的发布版本，请参见clusterProfiler。

基因和基因簇功能谱的统计分析和可视化

Bioconductor版本:3.9

该包实现了分析和可视化基因和基因簇的功能配置文件(GO和KEGG)的方法。

作者:Guangchuang Yu [aut, cre, cph]， Li-Gen Wang [ctb]， Giovanni Dall'Olio [ctb] (compareCluster公式接口)

维护人:Guangchuang Yu

安装

要安装此包，请启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!require ("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“clusterProfiler”)

超文本标记语言	R脚本	基因和基因簇功能谱的统计分析和可视化
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,聚类,去,GeneSetEnrichment,KEGG,MultipleComparison,通路,Reactome,软件,可视化
版本	3.12.0
Bioconductor自	BioC 2.8 (R-2.13)(8.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.4.0)
进口	AnnotationDbi,剂量(> = 3.5.1),enrichplot(> = 0.99.7),ggplot2,GO.db,GOSemSim,magrittr、方法、plyr,qvalue,rvcheck统计数据,tidyr,跑龙套
链接
建议	AnnotationHub,dplyr,KEGG.db,knitr,org.Hs.eg.db,prettydoc,ReactomePA,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://guangchuangyu.github.io/software/clusterProfiler
BugReports	https://github.com/GuangchuangYu/clusterProfiler/issues
取决于我	maEndToEnd
进口我	bioCancer,CEMiTool,DAPAR,debrowser,eegc,esATAC,GDCRNATools,林肯,MAGeCKFlute,methylGSA,miRsponge,miRspongeR,MoonlightR,recountWorkflow,RNASeqR,TCGAbiolinksGUI,TCGAWorkflow
建议我	ChIPseeker,可乐,剂量,enrichplot,epihet,GOSemSim,ReactomePA,TCGAbiolinks
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	clusterProfiler_3.12.0.tar.gz
Windows二进制	clusterProfiler_3.12.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	clusterProfiler_3.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/clusterProfiler
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ clusterProfiler
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/clusterProfiler/
包下载报告	下载数据