clusterExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.clusterExperiment

此包适用于Bioconductor的3.9版本;有关稳定的最新发布版本，请参见clusterExperiment．

比较单细胞测序的聚类

Bioconductor版本:3.9

提供运行和比较单细胞测序数据或其他大型mRNA Expression数据集的许多不同聚类的功能。

作者:Elizabeth Purdom [aut, cre, cph]， Davide Risso [aut]

维护者:Elizabeth Purdom

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("clusterExperiment")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“clusterExperiment”)

超文本标记语言	R脚本	clusterExperiment装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，RNASeq，测序，SingleCell，软件
版本	2.4.4
在Bioconductor公司	BioC 3.4 (R-3.3)(3年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5.0)，SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，BiocGenerics
进口	方法,NMF，RColorBrewer，猿(> = 5.0),集群统计数据,limma，多少，locfdr，matrixStats图形，并行，RSpectra，kernlab，stringr，S4VectorsgrDevices,DelayedArray(> = 0.7.48),HDF5Array(> = 1.7.10),矩阵，Rcpp，刨边机，尺度，zinbwave，phylobase，pracma
链接	Rcpp
建议	BiocStyle，knitr，testthat，scRNAseq，桅杆，Rtsne，食物，igraph
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/epurdom/clusterExperiment/issues
全靠我	netSmooth
进口我	弹弓
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	clusterExperiment_2.4.4.tar.gz
Windows二进制	clusterExperiment_2.4.4.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	clusterExperiment_2.4.4.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/clusterExperiment
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/clusterExperiment
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/clusterExperiment/
软件包下载报告	下载数据