该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅Chromvar。
生物导体版本:3.9
确定跨注释或峰的染色质可及性的变化。主要用于单细胞或稀疏染色质可访问性数据,例如从SCATAC-SEQ或稀疏的Bulk ATAC或DNase-Seq实验。
作者:Alicia Schep [Aut,Cre],Jason Buenrostro [CTB],Caleb Lareau [CTB],William Greenleaf [THS],Stanford University [CPH]
维护者:alicia schep
引用(从r内,输入引用(“ Chromvar”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ chromvar”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
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Browsevignettes(“ Chromvar”)
html | R脚本 | 介绍 |
参考手册 | ||
文本 | 消息 | |
文本 | 执照 |
生物浏览 | 结肠管制,,,,免疫学,,,,测序,,,,Singlecell,,,,软件 |
版本 | 1.6.0 |
在生物导体中 | Bioc 3.6(R-3.4)(2年) |
执照 | 麻省理工学院 +文件许可证 |
要看 | R(> = 3.4) |
进口 | iranges,,,,GenomeInfodB,,,,基因组机,,,,GGPLOT2,,,,纳博,,,,生物比较,,,,生物基因,,,,生物弦,,,,TFBSTOOLS,,,,rsamtools,,,,S4VECTORS, 方法,RCPP, 网格,情节,,,,闪亮的,,,,miniui,统计,utils,图形,DT,,,,RTSNE,,,,矩阵,,,,总结性特征,,,,rcolorbrewer,,,,BSGENOME |
链接 | RCPP,,,,rcpparmadillo |
建议 | Jaspar2016,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,readr,,,,测试,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,pheatmap,,,,MotifMatchr |
系统要求 | C ++ 11 |
增强 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | chromvar_1.6.0.tar.gz |
Windows二进制 | chromvar_1.6.0.zip |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | chromvar_1.6.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chromvar |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/chromvar |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/chromvar/ |
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