Chromvar

doi:10.18129/b9.bioc.chromvar

该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅Chromvar

跨区域的染色质变化

生物导体版本:3.9

确定跨注释或峰的染色质可及性的变化。主要用于单细胞或稀疏染色质可访问性数据,例如从SCATAC-SEQ或稀疏的Bulk ATAC或DNase-Seq实验。

作者:Alicia Schep [Aut,Cre],Jason Buenrostro [CTB],Caleb Lareau [CTB],William Greenleaf [THS],Stanford University [CPH]

维护者:alicia schep

引用(从r内,输入引用(“ Chromvar”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ chromvar”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Chromvar”)

html R脚本 介绍
PDF 参考手册
文本 消息
文本 执照

细节

生物浏览 结肠管制,,,,免疫学,,,,测序,,,,Singlecell,,,,软件
版本 1.6.0
在生物导体中 Bioc 3.6(R-3.4)(2年)
执照 麻省理工学院 +文件许可证
要看 R(> = 3.4)
进口 iranges,,,,GenomeInfodB,,,,基因组机,,,,GGPLOT2,,,,纳博,,,,生物比较,,,,生物基因,,,,生物弦,,,,TFBSTOOLS,,,,rsamtools,,,,S4VECTORS, 方法,RCPP, 网格,情节,,,,闪亮的,,,,miniui,统计,utils,图形,DT,,,,RTSNE,,,,矩阵,,,,总结性特征,,,,rcolorbrewer,,,,BSGENOME
链接 RCPP,,,,rcpparmadillo
建议 Jaspar2016,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,readr,,,,测试,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,pheatmap,,,,MotifMatchr
系统要求 C ++ 11
增强
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包装档案

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源包 chromvar_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 chromvar_1.6.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) chromvar_1.6.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chromvar
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/chromvar
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/chromvar/
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