魅力

DOI:10.18129 / B9.bioc.charm

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本,请参见魅力

CHARM微阵列DNA甲基化数据分析

Bioconductor版本:3.9

该软件包实现了使用Nimblegen微阵列和McrBC协议生成的DNA甲基化数据的分析工具。它可以在样品之间找到不同的甲基化区域,计算甲基化估计的百分比,并包括阵列质量评估工具。

作者:Martin Aryee, Peter Murakami, Harris Jaffee, Rafael Irizarry

维护者:Peter Murakami

引文(从R内,输入引用(“魅力”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("charm")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“魅力”)

PDF R脚本 魅力装饰图案
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DNAMethylation微阵列软件
版本 2.29.0
在Bioconductor BioC 2.6 (R-2.11)(9.5年)
许可证 LGPL (>= 2)
取决于 R (>= 2.14.0),BiobaseSQN字段RColorBrewergenefilter
进口 BSgenomeBiobase益生元(> = 1.11.31),oligoClasses(> = 1.17.39),ffpreprocessCore,方法,统计,BiostringsIRangessiggenesnor1mixgtools, grDevices,图形,utils,limma平行,股东价值分析(> = 3.1.2)
链接
建议 charmDataBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18corpcor
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我 charmData
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 charm_2.29.0.tar.gz
Windows二进制 charm_2.29.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) charm_2.29.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/charm
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/charm
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/charm/
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Bioconductor

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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网