魅力
DOI:10.18129 / B9.bioc.charm
这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见魅力．
CHARM微阵列DNA甲基化数据分析
Bioconductor版本:3.9
该软件包实现了使用Nimblegen微阵列和McrBC协议生成的DNA甲基化数据的分析工具。它可以在样品之间找到不同的甲基化区域，计算甲基化估计的百分比，并包括阵列质量评估工具。
作者:Martin Aryee, Peter Murakami, Harris Jaffee, Rafael Irizarry
维护者:Peter Murakami
引文(从R内，输入引用(“魅力”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("charm")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“魅力”)
| R脚本 | 魅力装饰图案 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | DNAMethylation，微阵列，软件 |
| 版本 | 2.29.0 |
| 在Bioconductor | BioC 2.6 (R-2.11)(9.5年) |
| 许可证 | LGPL (>= 2) |
| 取决于 | R (>= 2.14.0)，Biobase，SQN，字段，RColorBrewer，genefilter |
| 进口 | BSgenome，Biobase，益生元(> = 1.11.31),oligoClasses(> = 1.17.39),ff，preprocessCore，方法，统计，Biostrings，IRanges，siggenes，nor1mix，gtools， grDevices，图形，utils，limma平行,股东价值分析(> = 3.1.2) |
| 链接 | |
| 建议 | charmData，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18，corpcor |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | charmData |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | charm_2.29.0.tar.gz |
| Windows二进制 | charm_2.29.0.zip |
| Mac OS X 10.11 (El Capitan) | charm_2.29.0.tgz |
| 源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/charm |
| 源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/charm |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/charm/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
