celaref

DOI:10.18129 / B9.bioc.celaref

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见celaref．

单细胞RNAseq细胞集群参照标记

Bioconductor版本:3.9

在单细胞RNAseq实验的聚类步骤之后，这个包旨在根据与参考数据集的相似性为聚类建议标签/细胞类型。它需要每个基因的每个细胞的读取计数表，以及属于每个簇的细胞列表(用于测试和参考数据)。

作者:Sarah Williams [aut, cre]

维护者:Sarah Williams < Sarah。Williams1 at monash.edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("celaref")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“celaref”)

超文本标记语言	R脚本	手册
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	SingleCell，软件
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5.0)，SummarizedExperiment
进口	桅杆，ggplot2，矩阵，dplyr，magrittr，统计，utils，rlang，BiocGenerics，S4Vectors，readr，宠物猫，DelayedArray
链接
建议	limma平行,knitr，rmarkdown，ExperimentHub，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	celaref_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	celaref_1.2.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	celaref_1.2.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/celaref
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/celaref
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/celaref/
软件包下载报告	下载数据