ccfindr
doi：10.18129/b9.bioc.ccfindr
该包适用于生物导体的3.9版；对于稳定的最新版本，请参阅ccfindr。
癌症克隆发现者
生物导体版本：3.9
用于癌症基因组数据聚类分析的工具，包括单细胞RNA-Seq的工具。细胞聚类和特征基因选择分析采用贝叶斯（和最大似然）非负基质分解（NMF）算法。输入数据集由RNA计数矩阵，基因和细胞条代码注释组成。分析输出是每个等级的多个等级和边际似然值的因子矩阵。该软件包包括用于下游分析的实用程序，包括元基因识别，可视化和簇树的基于等级的树的构造。
作者：Jun Woo [AUT，CRE]，Jinhua Wang [aut]
维护者：umn.edu> jun woo
引用（从r内，输入引用（“ ccfindr”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ ccfindr”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ ccfindr”）
| html | R脚本 | CCFINDR：使用贝叶斯非负基质分解的单细胞RNA-seq分析 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 贝叶斯，，，，聚类，，，，免疫学，，，，Singlecell，，，，软件，，，，转录组学 |
| 版本 | 1.4.2 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.7（R-3.5）（1。5年） |
| 执照 | GPL（> = 2） |
| 要看 | R（> = 3.6.0） |
| 进口 | 统计，S4VECTORS，utils，方法，矩阵，，，，总结性特征，，，，Singlecellexperiment，，，，RTSNE，图形，grdevices，gtools，，，，rcolorbrewer，，，，猿，，，，rmpi，，，，irlba，，，，RCPP |
| 链接 | RCPP，，，，rcppeigen |
| 建议 | 生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | http://dx.doi.org/10.26508/lsa.201900443 |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | ccfindr_1.4.2.tar.gz |
| Windows二进制 | ccfindr_1.4.2.zip |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | ccfindr_1.4.2.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ccfindr |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/ccfindr |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/ccfindr/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
