bsseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.bsseq

此包适用于Bioconductor的3.9版;有关稳定的、最新的发布版本，请参见bsseq。

分析、管理和存储亚硫酸氢盐测序数据

Bioconductor版本:3.9

用于分析和可视化亚硫酸氢盐测序数据的工具集合。

作者:Kasper Daniel Hansen, Peter Hickey

维护人员:Kasper Daniel Hansen

安装

要安装此包，请启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!require ("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“bsseq”)

超文本标记语言	R脚本	用bsseq分析WGBS数据
超文本标记语言	R脚本	bsseq用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,软件
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 2.11 (R-2.15)(7年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.5)，方法BiocGenerics,GenomicRanges(> = 1.29.14),SummarizedExperiment(> = 1.9.18)
进口	IRanges(> = 2.11.16),GenomeInfoDb,尺度、统计数据、图表、Biobase,locfit,gtools,data.table(> = 1.11.8),S4Vectors,R.utils(> = 2.0.0),DelayedMatrixStats(> = 1.5.2),交换,limma,DelayedArray(> = 0.9.8),Rcpp,BiocParallel,BSgenome,Biostrings跑龙套,HDF5Array(> = 1.11.9),rhdf5
链接	Rcpp,beachmat
建议	testthat,bsseqData,BiocStyle,rmarkdown,knitr,矩阵,doParallel,rtracklayer,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,beachmat(> = 1.5.2),BatchJobs
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://github.com/kasperdanielhansen/bsseq
BugReports	https://github.com/kasperdanielhansen/bsseq/issues
取决于我	bsseqData,dmrseq,DSS
进口我	米拉,scmeth,tcgaWGBSData.hg19
建议我	tissueTreg
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	bsseq_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	bsseq_1.20.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	bsseq_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bsseq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ bsseq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/bsseq/
包下载报告	下载数据