blima

DOI:10.18129 / B9.bioc.blima

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅blima。

预处理和分析工具的Illumina公司微阵列探测器(珠)水平

Bioconductor版本:3.9

包blima包括几个Illumina公司微阵列数据的预处理算法。它集中到珠级别分析和提供新方法的分位数正常化不同长度的向量。它提供了各种各样的背景校正方法包括背景减法,RMA卷积和背景异常值删除。它还实现了方差稳定珠级别的转换。也有实现的方法进行数据汇总。它还提供了对探测器进行t方法(珠)水平和微分表达式的探测水平测试。

作者:Vojtěch Kulvait

维护人员:Vojtěch Kulvait < Kulvait gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“blima”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“blima”)

PDF	R脚本	blima.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,GeneRegulation,微阵列,归一化,预处理,软件
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.3)
进口	beadarray(> = 2.0.0),Biobase(> = 2.0.0),Rcpp(> = 0.12.8),BiocGenericsgrDevices统计数据,图形
链接	Rcpp
建议	xtable,blimaTestingData,BiocStyle,illuminaHumanv4.db,光民,knitr
SystemRequirements
增强了
URL	https://bitbucket.org/kulvait/blima
取决于我
进口我
建议我	blimaTestingData
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	blima_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	blima_1.18.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	blima_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/blima
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ blima
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/blima/
包下载报告	下载数据