Biovizbase.

DOI：10.18129 / b9.bioc.biovizbase.

此套餐适用于Biocumonds 3.9版;对于稳定的最新版本版本，请参阅Biovizbase.。

基因组数据可视化的基本图形实用程序。

生物导体版本：3.9

Biovizbase封装旨在为基因组数据提供一组实用程序，颜色方案和约定。它是用于生物数据可视化的各种高级包的基础。这节省了开发工作并鼓励一致性。

作者：Tengfei Yin [Aut]，Michael Lawrence [Aut，Ths，Cre]，Dianne Cook [Aut，Ths]，Johannes Rainer [CTB]

维护者：Michael Lawrence

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“3.6”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“biovizbase”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

Browsevignettes（“Biovizbase”）

PDF.	r script.	Biovizbase介绍
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	基础设施那预处理那软件那可视化
版本	1.32.0
在生物导体中以来	BIOC 2.9（R-2.14）（8年）
执照	艺术-2.0
依靠	R（> = 2.10），方法
进口	Grdevices，统计数据，秤那HMISC.那rcolorbrewer.那DichroMat.那生物根系那S4Vectors.（> = 0.9.25），绞喉（> = 1.99.28），Genomeinfodb.（> = 1.5.14），Genomicranges.（> = 1.23.21），概括分析那生物仪器（> = 2.33.11），RSAMTOOLS.（> = 1.17.28），基因管理（> = 1.1.16），基因组法（> = 1.21.19），annotationdbi.那VariantAnnotation.（> = 1.11.4），EnsembldB.（> = 1.99.13），annotationfilter（> = 0.99.8），rlang.
链接到
建议	bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19那txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene.那bsgenome.那rtracklayer.那ensdb.hsapiens.v75.那运行
系统要求
加强
URL.
取决于我	咖啡店那QRQC
进口我	Bubbletree.那chipexoqual.那GGBIO.那GVIZ.那Karyploter.那PVIZ.那QRQC那rqc.
建议我	Cindex.那德内捷德那derfinderplot那R3CPET.那RegionReport.那StrafturalVariantAnnotation.那txreginfra.
链接给我
建立报告

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	biovizbase_1.32.0.tar.gz.
Windows二进制文件	biovizbase_1.32.0.zip.（32-＆64位）
Mac OS x 10.11（El Capitan）	biovizbase_1.32.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/biovizbase.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ biovizbase
包短网址	https://biocumon.org/packages/biovizbase/
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