该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅Biomvrcns。
生物导体版本:3.9
在此软件包中,为分割基因组数据设计和实施了隐藏的半马尔可夫模型(HSMM)和一个均匀的分割模型,目的是使用RNA-Seq或平铺阵列(例如RNA-SEQ或瓷砖阵列)协助转录本检测,以及副本编号分析使用ACGH或测序。
作者:Yang Du
维护者:yang du
引用(从r内,输入引用(“ Biomvrcns”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ biomvrcns”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“ Biomvrcns”)
R脚本 | Biomvrcns包装简介 | |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 库务,,,,遗传学,,,,微阵列,,,,测序,,,,软件,,,,可视化,,,,ACGH |
版本 | 1.24.0 |
在生物导体中 | Bioc 2.12(R-3.0)(6。5年) |
执照 | GPL(> = 2) |
要看 | iranges,,,,基因组机,,,,GVIZ |
进口 | 方法,mvtnorm |
链接 | |
建议 | 簇, 平行,GenomicFeatures,,,,DynamiCtreCut,,,,rsamtools,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg19 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | biomvrcns_1.24.0.tar.gz |
Windows二进制 | biomvrcns_1.24.0.zip(32-和64位) |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | biomvrcns_1.24.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biomvrcns |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/biomvrcns |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/biomvrcns/ |
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