Biomart

doi：10.18129/b9.bioc.biomart

该包适用于生物导体的3.9版；对于稳定的最新版本，请参阅Biomart。

BiomArt数据库的接口（即Ensembl）

生物导体版本：3.9

近年来，公共数据存储库已获得大量生物学数据。对于全面的生物信息学数据分析，需要轻松访问这些有价值的数据资源和与数据分析的公司集成。BIOMART提供了越来越多的数据库集合的接口，该数据库实施了Biomart软件套件（ ）。该软件包可以以统一的方式检索大量数据，而无需了解基础数据库模式或编写复杂的SQL查询。BiomArt数据库中最突出的示例是通过Ensembl维护的，Ensembl可以直接访问一组数据集，并启用从基因注释到数据库挖掘的广泛强大的在线查询。

作者：Steffen Durinck [Aut]，Wolfgang Huber [AUT]，Sean Davis [CTB]，Francois Pepin [CTB]，Vince S Buffalo [CTB]，Mike Smith [CTB，CRE]

维护者：迈克·史密斯（Mike Smith）

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ biomart”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Biomart”）

html	R脚本	BIOMART用户指南
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	注解，，，，软件
版本	2.40.5
在生物导体中	Bioc 1.6（R-2.1）或更早（> 14。5年）
执照	艺术2.0
要看	方法
进口	utils，XML，，，，rcurl，，，，AnnotationDbi，，，，进步，，，，Stringr，，，，httr
链接
建议	注释，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，测试
系统要求
增强
URL
取决于我	注解，，，，Chromplot，，，，彗星，，，，CustomProdb，，，，达格洛戈，，，，drugvsdisease，，，，Genefu，，，，基因组，，，，米尼卡，，，，ppinfer，，，，诗篇，，，，repviz，，，，Roleswitch，，，，寿司，，，，vegamc
进口我	arrayexpresshts，，，，Artms，，，，不良区域，，，，BGEECALL，，，，分支机构，，，，Chippeakanno，，，，计时，，，，Cobindr，，，，dexseq，，，，diffloop，，，，多米诺骨牌效应，，，，doqtl，，，，EasyRnaseq，，，，EDASEQ，，，，埃尔默，，，，gdcrnatools，，，，Geneaccord，，，，GenomicFeatures，，，，Genvisr，，，，gesper，，，，Glmsparsenet，，，，goexpress，，，，gostag，，，，GPART，，，，GVIZ，，，，HTSANALYZER，，，，IDMappingRetRieval，，，，isobar，，，，keggprofile，，，，Mageckflute，，，，MCSEA，，，，Medips，，，，代谢信号，，，，metaseqr，，，，甲基分析，，，，mgfr，，，，oncoscore，，，，负鼠，，，，PBase，，，，PCAEXPLORER，，，，PGA，，，，表，，，，Precisiontrialldrawer，，，，proloc，，，，Proteomm，，，，psygenet2r，，，，杂种，，，，R453plus1toolbox，，，，拉姆瓦斯，，，，RCAS，，，，补偿，，，，RGSEPD，，，，rnaither，，，，rnaseqsamples，，，，scpipe，，，，seq2pathway，，，，seqgsea，，，，碎片，，，，swath2stats，，，，tcgabiolinks，，，，tcgaworkflow，，，，tfea.chip，，，，转录图，，，，特雷娜，，，，纱
建议我	注释，，，，生物萨尔，，，，生物探测，，，，BloodCancermultiomics2017，，，，CCTORIAL，，，，塞尔达，，，，Celltree，，，，Chromstar，，，，clusterudge，，，，CTRAP，，，，小伙子，，，，Geneanswers，，，，Genominator，，，，H5VC，，，，Leebamviews，，，，林，，，，马提尼，，，，Massir，，，，米尼卡，，，，幻影，，，，突变模式，，，，NetSmooth，，，，奥利戈，，，，奥利戈，，，，有机体，，，，Paxtoolsr，，，，PCATOOLS，，，，钢琴，，，，皮革，，，，后代，，，，R3CPET，，，，rcade，，，，regparallel，，，，rforpoteomics，，，，Ripseeker，，，，rnbeads，，，，rtandem，，，，rtrm，，，，评分，，，，Shortread，，，，SIM，，，，辛克尔，，，，总结，，，，Systempiper，，，，TrackViewer，，，，WigglePlotr，，，，Zinbwave
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	biomart_2.40.5.tar.gz
Windows二进制	biomart_2.40.5.5
Mac OS X 10.11（El Capitan）	biomart_2.40.5.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biomart
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/biomart
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/biomart/
软件包下载报告	下载统计