bcSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.bcSeq

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅bcSeq。

在高通量快速序列映射成分和CRISPR屏幕

Bioconductor版本:3.9

这个Rcpp-based包实现了一种高效的数据结构和算法进行对齐的短读CRISPR或者shRNA屏幕参考条码库。测序错误被认为是和匹配质量评价是基于phr分数。贝叶斯分类器是用来预测的原始条形码阅读。包支持提供用户定义的概率模型来评估匹配的品质。包也支持多线程。

作者:嘉兴林(aut (cre),杰里米·格雷沙姆(aut) Jichun谢(aut),青年雕像Owzar (aut) Tongrong王(施),所以年轻的金(施),詹姆斯·阿尔瓦雷斯(施),Jeffrey s . Damrauer[所有],斯科特•弗洛伊德[所有]约书亚Granek[所有],安德鲁·艾伦(施),克莱本陈(施)

维护人员:嘉兴林<嘉兴。林在duke.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“bcSeq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“bcSeq”)

PDF	R脚本	bcSeq
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq,对齐,CRISPR,ImmunoOncology,MultipleSequenceAlignment,SequenceMatching,测序,软件
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(1.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.4.2)
进口	Rcpp(> = 0.12.12),矩阵,Biostrings
链接	Rcpp,矩阵
建议	knitr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jl354/bcSeq
BugReports	https://support.bioconductor.org
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	bcSeq_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	bcSeq_1.6.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	bcSeq_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bcSeq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ bcSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/bcSeq/
包下载报告	下载数据