这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本,请参见artMS.
Bioconductor版本:3.9
artMS提供了一套分析蛋白质组学无标签数据集的工具。它将MaxQuant搜索结果输出(evidence.txt文件)作为输入,并使用MSstats进行质量控制、相对量化、下游分析和集成。artMS还提供了一组函数来重新格式化并使其与其他分析工具兼容,包括SAINTq, SAINTexpress, Phosfate和PHOTON。详情请查看[http://artms.org](http://artms.org)。
作者:David Jimenez-Morales, Alexandre Rosa Campos, John Von Dollen。
维护者:David Jimenez-Morales
引文(从R内,输入引用(“artMS”)
):
要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("artMS")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“artMS”)
超文本标记语言 | R脚本 | 学会使用artMS |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | 注释,BiomedicalInformatics,聚类,DifferentialExpression,GeneSetEnrichment,ImmunoOncology,MassSpectrometry,MultipleComparison,归一化,蛋白质组学,质量控制,软件,SystemsBiology |
版本 | 1.2.7 |
在Bioconductor | BioC 3.8 (R-3.5)(1年) |
许可证 | GPL(>= 3) +文件许可 |
取决于 | R (>= 3.6.0) |
进口 | AnnotationDbi,biomaRt,bit64,circlize,集群,ComplexHeatmap,corrplot,data.table,dplyr,factoextra,FactoMineR,getopt,ggdendro,ggplot2,gplots,ggrepel,gProfileR,图形,grDevices,网格,limma,MSstats,openxlsx,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,PerformanceAnalytics,pheatmap,情节,plyr,RColorBrewer,尺度,seqinr统计数据,stringr,tidyr,UpSetR跑龙套,维恩图,yaml |
链接 | |
建议 | BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/biodavidjm/artMS |
BugReports | https://github.com/biodavidjm/artMS/issues |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | artMS_1.2.7.tar.gz |
Windows二进制 | artMS_1.2.7.zip |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | artMS_1.2.7.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/artMS |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/artMS |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/artMS/ |
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