这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅appreci8R。
Bioconductor版本:3.9
appreci8R R版本appreci8-algorithm -管道的精确变量调用集成8工具。变体打电话的结果我们标准appreci8-tools (GATK,鸭嘴兽,VarScan FreeBayes, LoFreq, SNVer, samtools和VarDict),以及5额外工具相结合,评估和筛选。
作者:莎拉Sandmann
维修工:莎拉Sandmann <萨拉。在uni-muenster.de sandmann >
从内部引用(R,回车引用(“appreci8R”)
):
安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“appreci8R”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“appreci8R”)
R脚本 | 使用appreci8R | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | GeneticVariability,单核苷酸多态性,测序,软件,VariantAnnotation,VariantDetection |
版本 | 1.2.2 |
Bioconductor自 | BioC 3.8 (r - 3.5)(1年) |
许可证 | LGPL-3 |
取决于 | |
进口 | 闪亮的,shinyjs,DT,VariantAnnotation,BSgenome,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,Homo.sapiens,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37,XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37,rsnps,Biostrings,MafDb.1Kgenomes.phase3.hs37d5,MafDb.ExAC.r1.0.hs37d5,MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.hs37d5,MafDb.gnomADex.r2.1.hs37d5,COSMIC.67,rentrez,PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131,SIFT.Hsapiens.dbSNP137,seqinr,openxlsx,Rsamtools,stringr,跑龙套,统计数据,GenomicRanges,S4Vectors,GenomicFeatures,IRanges,GenomicScores,SummarizedExperiment |
链接 | |
建议 | GO.db,org.Hs.eg.db |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | appreci8R_1.2.2.tar.gz |
Windows二进制 | appreci8R_1.2.2.zip |
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | appreci8R_1.2.2.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/appreci8R |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ appreci8R |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/appreci8R/ |
包下载报告 | 下载数据 |