annotatr

DOI:10.18129 / B9.bioc.annotatr

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅annotatr

注释基因组注释的基因区域

Bioconductor版本:3.9

给定一组基因的网站/地区(例如ChIP-seq山峰、论文认定、差异甲基化论文认定或地区,单核苷酸多态性,等等)通常感兴趣的调查相交的基因组注释。这类注释涉及基因模型(促进剂,5 'utrs,外显子、内含子和3 'utrs),论文认定(CpG岛CpG海岸,CpG货架),或监管序列增强剂等。annotatr包提供了一种简便的方法总结和可视化的交集基因组网站/地区与基因组注释。

作者:雷蒙德·g·Cavalcante (aut (cre),莫林·a .裁缝(黑色)

维护人员:雷蒙德·g·Cavalcante < rcavalca umich.edu >

从内部引用(R,回车引用(“annotatr”)):

安装

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文本 新闻

细节

biocViews 注释,FunctionalGenomics,GenomeAnnotation,软件,可视化
版本 1.10.0
Bioconductor自 BioC 3.4 (r - 3.3)(3年)
许可证 GPL-3
取决于 R (> = 3.4.0)
进口 AnnotationDbi,AnnotationHub,dplyr,GenomicFeatures,GenomicRanges,GenomeInfoDb(> = 1.10.3),ggplot2,IRanges、方法、readr,地区,reshape2,rtracklayer,S4Vectors(> = 0.17.5)统计,跑龙套
链接
建议 BiocStyle,devtools,knitr,org.Dm.eg.db,org.Gg.eg.db,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,org.Rn.eg.db,rmarkdown,roxygen2,testthat,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm6.ensGene,TxDb.Ggallus.UCSC.galGal5.refGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn4.ensGene,TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn5.refGene,TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn6.refGene
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://www.github.com/rcavalcante/annotatr/issues
取决于我
进口我 dmrseq,scmeth
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包档案

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源包 annotatr_1.10.0.tar.gz
Windows二进制 annotatr_1.10.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) annotatr_1.10.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/annotatr
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ annotatr
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/annotatr/
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