该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅变体工具。
生物导体版本:3.9
使用过滤器探索,诊断和比较变体调用。
作者:迈克尔·劳伦斯(Michael Lawrence)
维护者:迈克尔·劳伦斯(Michael Lawrence)
引用(从r内,输入引用(“ varianttools”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ varianttools”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
browsevignettes(“ varianttools”)
R脚本 | Varianttools简介 | |
tutorial.pdf | ||
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 遗传因素,,,,遗传学,,,,测序,,,,软件 |
版本 | 1.26.0 |
在生物导体中 | Bioc 2.11(R-2.15)(7年) |
执照 | 艺术2.0 |
要看 | S4VECTORS(> = 0.17.33),iranges(> = 2.13.12),基因组机(> = 1.31.8),变体(> = 1.11.16),方法 |
进口 | rsamtools(> = 1.31.2),生物基因,,,,生物弦, 平行,GenomicFeatures(> = 1.31.3),矩阵,,,,rtracklayer(> = 1.39.7),生物比较,,,,GenomeInfodB,,,,BSGENOME,,,,生物酶 |
链接 | |
建议 | 运行,,,,肺部(> = 0.0.6),rbgl,,,,图形,,,,GMAPR(> = 1.21.3) |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | htseqgenie,,,,mtseeker |
建议我 | VariantToolsData |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | varianttools_1.26.0.tar.gz |
Windows二进制 | varianttools_1.26.0.zip |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | varianttools_1.26.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/varianttools |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:包装/varianttools |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/varianttools/ |
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