VariantAnnotation.

DOI：10.18129 / b9.bioc.variantannotation

此套餐适用于Biocumonds 3.9版;对于稳定的最新版本版本，请参阅VariantAnnotation.。

遗传变异的注释

生物导体版本：3.9

注释变体，计算氨基酸编码变化，预测编码结果。

作者：Valerie Obenchain [Aut，Cre]，Martin Morgan [Aut]，Michael Lawarence [Aut]，Stephanie Gogarten [CTB]

维护者：Valerie Obenchain

安装

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if（！properenamespace（“biocmanager”，静静= true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“Variantannotation”）

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PDF.	r script.	1. VariantAnnotation介绍
PDF.	r script.	2.使用FilterVCF从VCF文件中选择Variants
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细节

Biocviews.	注解那DataImport.那遗传学那SNP.那测序那软件那VariantAnnotation.
版本	1.30.1
在生物导体中以来	BIOC 2.9（R-2.14）（8年）
执照	艺术-2.0
依靠	R（> = 2.8.0），方法，生物根系（> = 0.15.3），genomeinfodb.（> = 1.15.2），Genomicranges.（> = 1.31.8），概括分析（> = 1.9.9），RSAMTOOLS.（> = 1.99.0）
进口	Utils，DBI.那Zlibbioc.那BioBase.那S4Vectors.（> = 0.17.24），绞喉（> = 2.13.13），xvector.（> = 0.19.7），生物仪器（> = 2.47.6），annotationdbi.（> = 1.27.9），rtracklayer.（> = 1.39.7），bsgenome.（> = 1.47.3），基因组法（> = 1.31.3）
链接到	S4Vectors.那绞喉那xvector.那生物仪器那rhtslib.
建议	运行那annotationhub.那bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19那txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene.那snplocs.hsapiens.dbsnp.20101109那sift.hsapiens.dbsnp132那sift.hsapiens.dbsnp137那polyphen.hsapiens.dbsnp131那Snpstats.那ggplot2.那生物焦
系统要求
加强
URL.
取决于我	注解那cgdv17.那CNVRD2.那Deepsnv.那doqtl.那Ensemblvep.那GenotyPeeval.那Helloranges.那htseqgenie.那IGVR.那Mtseeker.那myvariant.那polyphen.hsapiens.dbsnp131那pur那r453plus1toolbox.那Rarevariantvis.那r那SEQCAT.那测序那sift.hsapiens.dbsnp132那sift.hsapiens.dbsnp137那签收那Somaticsignatures.那StrafturalVariantAnnotation.那变型滤波器那变体那Varianttools.那Varianttoolsdata.
进口我	等位基因矛纪那嗯那BadregionFinder.那Bbcanalyzer.那Biovizbase.那CopyNumberplots.那宇宙.67那Customprodb.那decomptumor2sig那多米诺骨牌效应那funcisnp.那Ga4ghclient.那GenBankr.那基因组夫妇那Genvisr.那GGBIO.那GGTools.那GMAPR.那gqtlstats.那Gwasurvivr.那冰茶那ldblock.那Madseq.那甲烷分析那MotifBreakr.那mtseekerdata.那mutationalpatterns.那PGA.那得分invhap.那斯文那Systempiper.那Titancna.那TVTB.那奥尼润那vcfarray.那耶稣那yrimulti
建议我	annotationhub.那Ashkenazimsonchr21.那生物相投那Cellbaser.那Crisprvariants.那Genomicranges.那基因组织那geuvadistranscriptexpr.那Gwascat那Gwastools.那omicsprint.那Podkat.那RVS.那SEQARRAY.那TrackViewer.那三重奏那vtpnet.
链接给我
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包档案包

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源包	VariantAnnotation_1.30.1.tar.gz.
Windows二进制文件	VariantAnnotation_1.30.1.zip.
Mac OS x 10.11（El Capitan）	VariantAnnotation_1.30.1.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/variantannotation
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocumon.org：包/ variantannotation
包短网址	https://biocumon.org/packages/variantannotation/
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