VanillaICE

DOI:10.18129 / B9.bioc.VanillaICE

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见VanillaICE．

高通量基因分型阵列的隐马尔可夫模型

Bioconductor版本:3.9

用于表征高通量SNP阵列中染色体改变的隐马尔科夫模型。

作者:Robert Scharpf ， Kevin Scharpf, and Ingo Ruczinski < Ingo at jhsph.edu>

维护者:Robert Scharpf

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("VanillaICE")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“VanillaICE”)

PDF	R脚本	crlmmDownstream
PDF	R脚本	VanillaICE装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation，软件
版本	1.46.0
在Bioconductor	BioC 2.1 (R-2.6)(12年)
许可证	LGPL-2
取决于	R (>= 3.5.0)，BiocGenerics(> = 0.13.6),GenomicRanges(> = 1.27.6),SummarizedExperiment(> = 1.5.3)更正
进口	Biobase，S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges(> = 1.14.0),oligoClasses(> = 1.31.1),foreach，matrixStats，data.table、网格晶格、方法、GenomeInfoDb(> = 1.11.4),crlmm，工具，统计，utils，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18
链接
建议	RUnit，SNPchip，human610quadv1bCrlmm，ArrayTV
SystemRequirements
增强了	doMC，doMPI，doSNOW，doParallel，doRedis
URL
全靠我	MinimumDistance
进口我
建议我	CNPBayes，oligoClasses
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	VanillaICE_1.46.0.tar.gz
Windows二进制	VanillaICE_1.46.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	VanillaICE_1.46.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VanillaICE
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/VanillaICE
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/VanillaICE/
软件包下载报告	下载数据