ToPASeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.ToPASeq

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ToPASeq。

架构RNA-seq通路分析数据

Bioconductor版本:3.9

架构的实现方法途径RNA-seq数据的分析。这包括拓扑分析途径表型协会(TAPPA;高和王,2007),通路富集分析(PWEA;挂et al ., 2010),和通路调节分数(PRS;易卜拉欣et al ., 2012)。

作者:伊凡娜Ihnatova、Eva Budinska路德维希Geistlinger

维护人员:伊凡娜Ihnatova < Ihnatova在iba.muni.cz >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ToPASeq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ToPASeq”)

HTML	R脚本	八个架构通路RNA-seq数据的分析方法
HTML	R脚本	架构RNA-seq通路分析数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,GraphAndNetwork,ImmunoOncology,NetworkEnrichment,通路,RNASeq,软件,可视化
版本	1.18.1
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(5年)
许可证	AGPL-3
取决于	R (> = 3.5.0),石墨
进口	Rcpp,图、方法、Biobase,RBGL,SummarizedExperiment,gRbase,limma,corpcor
链接	Rcpp
建议	BiocStyle,气道,knitr,rmarkdown,DESeq2,DESeq,刨边机,plotrix,breastCancerVDX,EnrichmentBrowser
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ToPASeq_1.18.1.tar.gz
Windows二进制	ToPASeq_1.18.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	ToPASeq_1.18.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ToPASeq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ToPASeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ToPASeq/
包下载报告	下载数据